商业银行应十分注重对银行承兑汇票业务全系统、、全过程的管理，不断提高风险识别、计量、监测和控制能力，进行业务流程改造，建立信贷资产质量风险管理体系，提升风险防控意识。加强银行承兑汇票内控管理，从而有效防范银行承兑汇票垫付现象，即确保银行资金，又取得了良好的经济效益。中国票据网建议从以下四个方面加强银行承兑汇票内控管理。
一、完善内控机制，加大管控力度。商业银行应本着对银行承兑汇票业务全系统、、全过程实行监控的原则，严把机构人员市场准入关，将专业水平高、思想品质好、遵纪守法的人员充实到票据岗位，从而有效扼制道德风险的发生。并且对现有的银行承兑汇票业务流程和风险管理办法进行整合和完善，使办理银行承兑汇票业务的整个操作流程都有章可循，切实堵塞操作上的漏洞和隐患。
二、强化风险意识，抓基础管理。加强客户调查、审查和管理工作。在受理承兑申请、审查商品交易真实性时，查合同要素是否齐全、查合同交易内容与客户经营范围是否一致、查商品价格是否违反市场常规、查银行承兑汇票承兑额度与企业经营规模是否协调。并且根据企业经营活动周期合理确定承兑期限，并监控企业的经营活动及购销合同执行情况，防止企业将周转资金挪作它用。
三、严格保证金管理制度，落实承兑担保的有效性。在银行承兑汇票保证金收取比例上总体偏低，存在不按规定收取、挪用贷款作保证金、逾期不扣保证金等问题，必须严格企业信用等级管理，按照信用等级收取承兑保证金，逐笔设立专户管理，防止保证金重复保证，严禁使用结算户资金和保证金，严禁擅自动用客户保证金。
四、加强银行信贷管理，提高内部控制水平。深入企业按规定的检查间隔期和检查内容定期进行贷后检查，密切注意企业资金流向，发现问题及时采取相应措施，确保银承按时收回。深入企业搞好三查，掌握其生产经营状况、资产负债结构、发展前景和管理是否存在问题，分析其偿债能力和贷款潜在风险，形成客观、实际、公正的结论。对符合发放条件的贷款，确保贷款手续合法合规有效。