洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统人流和物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。

所谓无菌病房，换言之就是经过医疗净化工程升级或建设的现代层流洁净护理室，即是指通过层流净化空调系统提供的无菌无尘化环境而用以收治因骨髓移植等极度低下患者的洁净场所。虽然与平日里整天收治危重危急病人的洁净手术室相比，其表面可能看似略显平淡无常，但是实际上其每天亦在发挥着非常关键且意义重大的作用。

医疗净化工程无菌病房(层流护理室)建设，日常于医院之中主要用于预防性隔离，譬如接受过化学疗法的白血病患者，恶性肿瘤经造成白血球减少的患者，再生不良性贫血造成的白血球减少的患者，接受脏器移植前后给予免疫抑制剂的患者，放射线伤害造成的白血球减少的患者以及免疫不全、严重、具有呼吸器官疾病的患者等。其目的在于预防被感染。

洁净厂房一般包括洁净生产区和为洁净生产区服务的人身净化区、物料净化区、空调净化机房及其他辅助区域，此外还包括各类工业管道和线路所占据的空间。对于洁净厂房来说，有洁净度要求的生产往往仅为部分工序或者部分部件与产品，对兼有一般生产和洁净生产的综合性厂房，在考虑其平面布局和构造处理时，应合理组织、物流运输及消防疏散线路，避免一般生产对洁净生产带来不利的影响。当防火要求与洁净生产要求有冲突时，应采取措施，在保证消防的前提下，减少对洁净生产的不利影响。空气调节与净化、水与气体的净化以及电器控制是净化生产的重要辅助部分。这些机房的规模、设备特征、机房位置以及其空气循环与分配系统的安排，在很大程度上影响着厂房建筑的空间组合。因此需要解决好它们同生产工艺之间的布局关系，以取得使用上和经济上的良好效果。