在工程审计中，常见的履约担保问题有以下几种：一、双方签订的施工合同关于履约担保的约定与招标文件不一致。施工合同违背招标文件另行约定履约担保，主要对数额、形式及退还方式作出另外规定。二、履约担保数额高出招标投标条例规定上限。《中华人民共和国招标投标法实施条例》规定履约担保证金不得高于中标合同金额的10%。在工程审计中发现，部分项目规定的履约担保数额高于中标合同金额的10%。三、履约担保形式违背招标文件中规定的形式，招标文件规定履约担保形式为现金或银行转账，实际采用银行保函的形式。四、在实施阶段，未按规定提交履约担保。招标文件和施工合同均有对履约担保提出具体规定，但在实际中，施工单位未提交但双方仍按原约定履行合同。更有甚者，建设单位对履约担保全然不知。
履约担保的问题在工程审计中屡见不鲜。而作为工程签订施工合同前必备履行程序，在事后审计中发现此类问题后，使得履约担保整改难以落到实处。为发挥好履约担保的实效性，一是要从源头抓起，主管单位作为招标主体的应加强对项目实施过程的把关及监督。二是建设主管部门应加强对建设单位的培训及监督，切实加强建设单位相关人员的法规意识。三是建设单位应重视双方订立的施工合同，对相应条款了解清楚，在确认施工单位及时足额提交履约担保后方可签订施工合同。四是建设单位应借助中介的力量，咨询中介等专业人员，对具体实施项目具体分析，做到有的放矢。让履约担保不再是一纸空文，以确保建设单位的权利。
工程合同履约担保
保证担保人（担保公司）向招标人出具履约保函，保证建设工程承包合同中规定的一切条款将在规定的日期内，以不超过双方议定的价格，按照约定的质量标准完成该项目。一旦承包商在施工过程中违约或因故无法完成合同，则保证担保人可以向该承包商提供资金或其他形式的资助以使其有能力完成合同；也可以安排由新的承包商来接替原承包商以完成该项目；还可以经过协商，业主从新开标，中标的承包商将完成合同中的剩余部分，由此造成后造价超出原合同造价的部分将由保证担保人承担；如果对上述解决方案不能达成协议则保证担保人将在保额内赔付业主的损失。
银行履约保函
银行履约保函是由商业银行开具的担保证明，通常为合同金额的10%左右。银行保函分为有条件的银行保函和无条件的银行保函。 *有条件的保函是指下述情形：在承包人没有实施合同或者未履行合同义务时，由发包人或监理工程师出具证明说明情况，并由担保人对已执行合同部分和未执行部分加以鉴定，确认后才能收兑银行保函，由招标人得到保函中的款项。建筑行业通常倾向于采用这种形式的保函。
无条件的保函是指下述情形：在承包人没有实施合同或者未履行合同义务时，发包人不需要出具任何证明和理由。只要看到承包人违约，就可对银行保函进行收兑。