保证贷款合同纠纷应当按照《担保法》及相关法律法规、司法解释处理。
(1)关于主体问题。保证贷款合同签订时应当特别注意保证人的资格问题，担保法第7条、第8条、第9条、第10条专门规定了哪些人可以作保证人，哪些人不可以作保证人。一般而言，具有社会公益性质的主体及不能独立承担民事责任的主体不得担任保证人。
(2)保证合同的签订。签订保证合同在实践中大致有下列方式：保证人与贷款人专门签订书面保证合同；保证人在借贷合同上签字或盖章表示愿意承担保证责任；保证人单独向贷款人出具书面的保证书。
(3)保证人的责任。保证可以分为一般保证和连带责任保证。
由于一般保证的保证人承担单方性、无偿性的法律责任，故对保证人尽了义务而债权人怠于行使权利，应该免除保证人一定范围内的保证责任。即是保证人在贷款合同履行期满后，向商业银行提供了可供执行财产的真实情况的，银行放弃或者怠于行使追偿权利而致使该财产不能执行的，保证人可以请求法院在其提供执行财产的实际价值范围内免除保证责任。
保证存续的基础是保证人对债务人的信任，因而一旦发生债务人变动时，保证人一般不再为该债务承担保证责任，如果贷款合同发生变更，又未获得保证人书面同意时，保证人也不应为此承担责任。担保法第二十四条明确了这一点。但担保法解释的一些规定已突破了这些法理，表现在：保证期间债权人与债务人对主合同的数量、价款、币种和利率等内容作了变动未经保证人同意的，如果减轻债务人的债务的，保证人仍应当对变更后的合同承担保证责任；如果加重债务人的债务的，保证人对加重的部分不承担保证责任；债权人与债务人对主合同履行期限作了变动未经保证人书面同意的，保证期间为原合同约定的或法律规定的期间，债权人与债务人协议变更主合同内容但未实际履行的，保证人仍应当承担保证责任。这说明保证债权的已成为担保法的首要价值取向，保证人对其承诺的保证义务负责，而不论合同内容是否已改变。
约定保证期间早于或等于贷款履行期间的问题。对于这种情况，应当视为当事人没有约定，保证期间为法定期间，即为贷款债务履行期间届满之日起六个月。