久病痼疾，络伤入血，化瘀 脾胃病多为饮食劳倦，或情志内伤，肝失疏泄，以致中焦气机阻滞，日久影响血络通畅，而致络脉瘀阻。亦有疾病迁延日久，气血津液亏虚，无以荣养血脉，络脉涩滞而致瘀血内停，或阴虚燥热，耗伤阴血，又灼伤血络，血溢于外，留而成瘀。是故《临证指南医案》云，“初病在气，久必入血”，“胃痛久而屡发，必有凝痰聚瘀”。 气滞与瘀血互为因果，互为影响。气滞日久，必有血瘀，瘀血留而不化，则气滞更甚，导致病势缠绵，难以根治。连老慢性胃病时，尤为注重化瘀。因气滞而血瘀者，往往在药中酌加化瘀之药，常用枳壳、佛手、丹参、郁金、红花、桃仁、川芎等，以促进气血运行，消散胃络瘀血，使营血流畅，瘀消络通。因气虚而血瘀者，常用补中汤健脾，升降气机，佐以丹参、白檀香、降香、延胡索等兼调气血，达到气旺则血行，血行则瘀散。连老善用丹参，取其破宿瘀而生新血，功同四物，既可又可养血。如用丹参饮，可除心胃诸痛。对于胃火亢盛灼伤血络致瘀血者，可用丹皮、丹参、赤芍等凉血、、散瘀；对于阴虚津伤之证，可用北沙参、麦门冬、当归、丹参、三七、白及等以养阴和血、消肿生肌。现代医学表明，化瘀药不但有止痛作用，还可改善胃黏膜的血液循环，消除炎症细胞浸润，促进病灶恢复，防止组织异型增生。
寒热并调，辛开苦降，各司其属 胃为阳土，其病多实多热；脾为阴土，病多虚多寒。然脾胃病变并不全部表现为单纯的寒证或热证，往往多为寒热错杂的复杂病变。如既有胃脘冷痛、呕吐清涎，又兼见大便滞而不爽、肛门灼热下坠的上寒下热证；或为、便溏，又有口臭口疮、胃脘灼热之上热下寒证。因此，在诊治中须“瑾守病机，各司其属”，不可顾此失彼。 对于寒热错杂者，连老强调须详察病机，寒热共调，方符合脾喜温燥、胃喜凉润的特性。当脾受湿困、胃为热扰之际，常用辛开苦降法燥脾清胃，以半夏泻心汤为，寒热互用以和其阴阳，辛苦并进以调其升降，如此则“太阴湿土，得阳始运；阳明燥土，得阴自安”。如泛呕清水甚者改用生姜泻心汤；脾虚审者，则取用甘草泻心汤，佐以茯苓以增健脾化湿之功。若邪热内陷、痰浊蕴结而“心下满痛”者，投以小陷胸汤以降痰火、利气机。连老指出，寒热错杂证，不可拘泥于一法一方，当求本论治，随证加减。实热盛者，适当重用黄芩、黄连，少用干姜，酌加车前子、金钱草、虎杖清热利湿；寒湿盛，重用干姜，少用连，佐以苍术、厚朴苦温燥湿；热毒亢，加蒲公英、白花蛇舌草、半枝莲清热；兼食积者，加焦山楂、焦神曲、焦麦芽。“知犯何逆，随证治之”，虽药有增损，然寒热并调、辛开苦降之旨不变，“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。
连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。