北医三院为完成单位，乔杰院士团队牵头的“配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用”研究荣获2017年国家科技进步奖二等奖，“生殖细胞发育的表观遗传调控机制及体外干预方法研究”项目，荣获2018年中华医学科技一等奖；骨科刘忠军教授团队牵头的“3D打印钛合金骨科植入物的临床应用与关键技术研究”荣获2018年北京市科学技术奖一等奖。
医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国文明单位、全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体、全国医药卫生系统创先争优活动先进集体、全国综合医院中医药工作示范单位、首都十大疾病科技攻关与管理工作核心单位等，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“全国青年文明号”荣誉称号，医院被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号。 [2]
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