医院设有冠心病中心、心律失常中心、急重症中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血压中心、临床药理中心、血脂异常与心血管病诊治中心、内分泌与心血管病诊治中心、血栓性疾病诊治中心、特需医疗中心、成人外科中心、血管外科中心、小儿外科中心、术后恢复中心、麻醉中心、体外循环中心、放射影像中心、超声影像中心、核医学影像中心、功能检测中心、临床检验中心等临床和医技科室。
阜外医院始建于1956年，2009年中央编办批复成立国家心血管病中心，正式形成“中心—医院”一体化格局。本部阜成门院区总用地规模5.53万平方米，总建筑面积15.7万平方米；门头沟西山院区总用地规模7.33万平方米，其中西山一期建筑面积3.7万平方米；西山二期项目建设正在加速推进，建筑面积5.62万平方米。
阜外医院现有在职员工3833人，截至目前累计培养了院士6人，、省部级有突出贡献专家28人，享受政府津贴83人，中高级职称专业技术人员1709人。同时，阜外医院配备有血管造影机、双源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模态数字化手术室等与世界接轨的医疗科研设备。
加强心血管防治新体系建设
阜外医院始终以“心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目”“国家基层高血压管理防治管理项目”“三高（高血压、高血糖、高脂血症）共管项目”“中国居民心血管病及其危险因素监测项目”四大国家项目为媒介，提升基层卫生服务能力。
心血管病高危人群早期筛查与综合干预项目自2014年启动，十年间累计筛查社区居民超过524.7万人次，检出心血管病高危对象146.4万人，并完成风险监测干预随访465.7万人次。