中国医学科学院阜外医院始建于1956年，是一所集医疗、科研、预防和人才培养于一体的三级甲等专科医院，是北京市医保定点单位。
2021年8月，中国医学科学院阜外医院实验诊断中心被评选为第20届全国青年文明号。
2021年11月20日，入选2020年度中国医院综合排行榜。2021年12月3日，门头沟区政府与中国医学科学院阜外医院签署战略合作框架协议，共同推动首批国家医学中心阜外西山院区落地门头沟。
国家区域医疗中心同质化建设
自2013年起，在国家卫生健康委及其他各部委、各司局及地方政府的大力支持下，阜外医院充分发挥作用，陆续输出建设云南省阜外心血管病医院（以下简称“云南阜外”）、阜外华中心血管病医院（以下简称“华中阜外”）和中国医学科学院阜外医院深圳医院（以下简称“深圳阜外”）三家区域医疗中心。以同质化发展为目标，利用“传帮带”模式推进医疗、教学、科研、预防、管理等各方面能力和水平的提升。
优化社区卫生服务模式
自2009年起，阜外医院积极探索社区防治转诊模式，与北京多家具有代表性的医院启动合作与防治项目，与北京市五大城区卫生局签署了对口支援协议书，推行专家定期社区出诊，已形成北京市社区心血管疾病“前筛”、“后疗”和“健教”三个基地。2013年组织召开全国心血管病社区防治工作经验交流会，不断探索和完善心血管病防治健康管理服务模式。近年来，阜外医院与时俱进，探索以信息化为支撑的“互联网+智慧医疗”的新型干预模式，成功研发临床辅助决策工具，建立了针对患者和医生两个层面的综合干预管理系统，更好地适应基层医疗卫生机构高血压管理需要，提升慢病防控能力及水平。
全国基层高血压防治管理项目作为国家基本公共卫生服务重点项目之一，自2017年在中心成立项目办公室以来，先后发布《国家基层高血压防治管理指南》（2017版、2020版）和《国家基层高血压防治管理手册》，培训超过235万名医务人员（其中基层医务人员占80%）。通过新媒体传播途径向公众传播健康生活方式医学理念和方法，覆盖民众2500余万人。建立了一套相对完善的高血压评价体系，以统一的七级管理数据分析质控平台，推动基层管理质量“持续改善”。该平台已管理重点联系点地区的1.8万个基层医疗卫生机构的438万高血压患者。开发适合基层的高血压管理辅助诊疗工具（1.0版、2.0版），并通过持续开展降压效果调研评价工作，探索防控新模式。