中央空调停运后，冷却水系统和冷冻水系统的清洗可用采取单台设备清洗方式或全系统清洗方式。但无论是单台设备清洗还是全系统清洗，一般都使用清洗槽和清洗泵将单台设务或原系统(可使用原系统的水泵)构成一个闭合回路进行循环清洗。
清洗一般按下列程序进行。灭藻清洗、碱洗、封存、(中)钝化、碱洗后水冲洗、运行、(中和)预膜、酸洗、漂洗、酸洗后水冲洗、水冲洗(检漏)
中央空调因其强大的功能而日益流行，同时具有冷暖空调功能的同时，还能调节空气。目前选择中央空调的家庭已经有很多，但由于对中央空调不熟悉，很多人还没有注意到它的清洗和保养。中央空调长时间运行，管道、过滤器、换热面表面集聚污物可能会造成"带病工作"，使系统换热效率降低，通风阻力增大，降低空调工作质量，增加不必要能耗，大大提高系统运营成本。
使用季结束后清洗：
中央空调应对季节性停机时，建议做好清洗工作。清洗中央空调过滤网时，将过滤网抽出来，用吸尘器把上面的尘土吸干净，也可以用清水冲洗干净。晾干后装入空调使用。对尘土较多的环境，过滤网应该经常清洗，以免灰尘太多堵死出风口，而影响制冷效果。清洗好后只开空调器的风机，运转约2至3小时，使空调器内部干燥，祛除湿气。
发现情况及时修理：
中央空调是一个系统，在使用过程中如果出现不正常情况，应立即停机。应定期检查各部件，一旦发现小故障要及时处理，长时间故障运行会给中央空调带来更大的损坏，使用效果和寿命都会受到影响。