1．尺寸规格：商业主板目前主要采用ATX架构；工业主板为了适应多种应用环境，采用了多种尺寸规格的主板，包括ATX、Micro-ATX、LPX、POS等各种规格。
2．扩展槽的支持：商业主板，往往只能提供4根PCI插槽，由于受制于PCI 规范，基本上PCI 4的驱动能力有相当大的衰减，因此大多数商用主板仅提供3根PCI槽；工业主板，由于其设计用料的工业性，其对PCI插槽的支持可以轻而易举的实现对5根 PCI的支持，也不会造成PCI驱动能力的衰减。同时可以支持对高带宽的PCI-E设备。带有ISA插槽，可以实现对工业ISA低速采集卡，数据卡的良好支持。嵌入GPIO总线，可以实现GPI，GPO功能。
3．使用的元器件：商业主板由于追求的产品的时效性，以及本身产品的市场定位，对元器件选择要求上一般只需满足系统运行2到3年的使用寿命即可；工业主板选料会选用经过长时间，高要求验证元器件，用以保证产品在恶劣条件下高可靠性要求。比如一些如在服务器、高端商业主板才出现的固态电容，封闭电感等，在智慧工控工业级主板中就有大量的使用。
4.使用环境：工业主板常在恶劣环境下工作（工作时间长、气候恶劣、潮湿、振动、多尘、辐射、高温等等），而这些环境下是商业主板无法胜任，当今商业主板大部分只能运行在安定的环境下（工作时间短、室内、常温）。
5．生命周期：商业主板市场更新换代的速度相当之快，所以一般的商业级主板只有半年到一年的生命周期；而在工业市场，以智慧工控为例，由于智慧工控与台湾VIA等厂家是一个长期的战略伙伴关系，所以智慧工控的工业级主板可以达到一个长达5年的生命周期，乃至更长。
6．产品的可靠性：由于普通商业主板的市场定位，其产品一般只会做电子产品需要的CCC认证，长城认证，民用级的电磁兼容认证；工业级主板由于其针对的S工业市场，所以出求于可靠度的需，在每一款主板在上市前都会做CE EMC，FCC，QA realbility，CCC，震动，落下等工业级要求测试认证。
7．管理性：商业主板只提供***简单的远程管理（通过连接网络，使用第3方的软件，如REAL VNC，PC ANYWHARE等实现）；工业主板除了可以提供类似的远程连接管理外，还可以实现远程无人值守的自动开关机功能。通过内嵌的IPMB，SMNP-1000模块，可以实现系统实时运行信息的管理、记录、发送功能。
8．客制化：
商业主板一但生产出来就无法再针对市场需求更改，完全无用户化的设计。但在工业领域，如智慧工控的工业级主板可以灵活的满足一些客户后续的特殊需求而实现用户的定制化，更好、更完美配合客户的使用需求环境。
9．存储界面：商业主板只提供常见的存储界面 IDE ，SATA；工业级主板可以提供IDE，SATA，SCSI，CF卡、DOC等多存储界面要求。
10．保护功能：商业主板没有提供的任何的保护功能；工业主板通过特殊设计，在遇到死机等异常情况，可以实现看门狗自动重新启动、防浪涌冲击等功能，全力的保证系统在恶劣环境的高稳定性的要求。
11．工作温度：商用主板基本只能使用在5度~38度之间的外环境之中；工业级主板可以在0度~60度之间稳定的工作，甚至某些工业主板采用宽温设计，温度范围可达-20度~70度。
12. 市场规模：商业主板以标准产品为主、产量以及市场规模较大、可轻易转换成其他品牌的主板；工业主板以客制化产品为主、产量以及市场规模比较小、转换成其他品牌的主板成本较高。